deep learning

Assessment of community efforts to advance computational prediction of protein-protein interactions
Una valutazione comunitaria di 24 metodi di graph mining per la predizione predict di interazioni tra proteine in una rete sintetica e quattro differenti organismi: A. thaliana (pianta), C. elegans (verme), S. cerevisiae (lievito), and H. sapiens.
Xu-Wen Wang, Lorenzo Madeddu, Kerstin Spirohn, Leonardo Martini, Adriano Fazzone, Luca Becchetti, Thomas P. Wytock, István A. Kovács, Olivér M. Balogh, Bettina Benczik, Mátyás Pétervári, Bence Ágg, Péter Ferdinandy, Loan Vulliard, Jörg Menche, Stefania Colonnese, Manuela Petti, Gaetano Scarano, Francesca Cuomo, Tong Hao, Florent Laval, Luc Willems, Jean-Claude Twizere, Michael A. Calderwood, Enrico Petrillo, Albert-László Barabási, Edwin K. Silverman, Joseph Loscalzo, Paola Velardi, Yang-Yu Liu
PDF Citazione Link
Assessment of community efforts to advance computational prediction of protein-protein interactions
Deep Graph Networks for Drug Repurposing with Multi-Protein Targets
Sviluppo di un nuovo algoritmo di deep graph learning per la predizione di interazioni tra farmaci e proteine target. Inoltre, l’articolo include un' applicazione del metodo per il riposizionamento di farmaci al fine di trattare l’infezione da Covid-19.
Davide Bacciu, Federico Errica, Alessio Gravina, Lorenzo Madeddu, Marco Podda, Giovanni Stilo
Citazione
Deep Graph Networks for Drug Repurposing with Multi-Protein Targets
Deep Learning methods in Network Biology.
Siamo stati invitati a scrivere un capitolo del libro “Deep Learning in Biology and Medicine”. Nel capitolo, introduciamo i concetti fondamentali delle reti biologiche e offriamo una rassegna dello stato dell’arte delle strategie di deep learning sviluppate per le sfide maggiori in Network Biology, Network Medicine e Network Pharmacology.
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo
Citazione Libro
Deep Learning methods in Network Biology.
A feature-learning-based method for the disease-gene prediction problem
Un nuovo metodo di graph deep learning per la predizione di associazioni gene-malattia. Il metodo estrae pattern funzionali e di connettività in maniera congiunta, usando un innovativa tecnica basata su attributed random walks.
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo, Paola Velardi
Citazione Link
A feature-learning-based method for the disease-gene prediction problem
Predicting disease genes for complex diseases using random watcher-walker
Un nuovo metodo di graph deep learning per la predizione di associazioni gene-malattia. Il metodo estrae pattern funzionali e di connettività in maniera congiunta, usando un innovativa tecnica basata su attributed random walks.
Mar 30, 2020 12:00 AM — 12:00 AM SAC 2020
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo, Paola Velardi
PDF Citazione Link
Predicting disease genes for complex diseases using random watcher-walker
Predicting disease genes for complex diseases using random watcher-walker
Un nuovo metodo di graph deep learning per la predizione di associazioni gene-malattia. Il metodo estrae pattern funzionali e di connettività in maniera congiunta, usando un innovativa tecnica basata su attributed random walks.
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo, Paola Velardi
Citazione Link
Predicting disease genes for complex diseases using random watcher-walker
Predicting Disease Genes Using Connectivity and Functional Features
Un nuovo metodo di graph deep learning per la predizione di associazioni gene-malattia. Il metodo estrae pattern funzionali e di connettività in maniera congiunta, usando un innovativa tecnica basata su attributed random walks.
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo, Paola Velardi
Citazione Link
Predicting Disease Genes Using Connectivity and Functional Features
AI for Health and Medicine Intelligent Information Mining - Research Group
Presenzatione dei porgetti in sviluppo presso il gruppo di ricerca IIM. Come progetto di ricerca per il workshop “AI for Health and Medicine”, ho presentato la prima versione di RW², un nuovo modello di graph deep learning per la predizione di associazioni gene-malattia.
Feb 18, 2019 6:05 PM — 6:15 PM Centro Congressi Auditorium della Tecnica
Lorenzo Madeddu, Giovanni Stilo, Paola Velardi
PDF Slides Link
AI for Health and Medicine Intelligent Information Mining - Research Group
Example Project
An example of using the in-built project page.
Slides Follow
Example Project